Переплата заработной платы

Паспорт то выдадут, но могут быть проблемы с выездом за границу, если судебным приставом применена к вам как к должнику соответствующая мера-ограничение выезда за пределы РФ

удержание неправомерно если нет арифметической ошибки

Полагаю удержание неправомерно. Согласно ст. 137 ТК РФ и 1109 ГК РФ работодатель может удержать из заработной платы работника (с соблюдением предусмотренного данной статьей порядка) задолженность этого работника в виде сумм, излишне выплаченных ему вследствие счетных ошибок. Круг этих сумм указанной статьей не ограничен. Поэтому удерживать из зарплаты можно любые излишне выплаченные работнику вследствие счетной ошибки выплаты и компенсации, предусмотренные трудовым законодательством, локальными нормативными актами организации, коллективным или трудовым договором, например пособия, материальную помощь, оплату проезда к месту обучения, компенсацию за использование личного имущества работника, страховое обеспечение по страхованию от несчастных случаев на производстве и профзаболеваний и т. д. Определения счетной ошибки в Трудовом кодексе нет. Суды и Роструд считают, что счетными являются только арифметические ошибки в подсчетах, то есть ошибки, допущенные в результате неверного применения правил математики. Письмо Роструда от 01.10.2012 № 1286-6-1. Поэтому суды, как правило, не признают счетными следующие ошибки: одна и та же сумма из-за технической ошибки перечислена дважды. при расчете не учтена ранее выплаченная сумма. в расчете использованы неверные исходные данные (например, не тот тариф или коэффициент. зарплата в программе начислена в двойном размере из-за ошибки в алгоритме расчета. при расчете неправильно применены нормы локального нормативного акта организации..